1853年（咸丰三年），崇绮因其父赛尚阿镇压太平军不利被革职问罪而受株连被罢官。次年，崇绮以参与堵截太平军北伐而复出，并因功被奖为笔帖式，恢复举人身份。1860年，咸丰帝在英法联军的攻打下逃奔热河（今河北承德），崇绮奉命镇守内皇城，因功升迁员外郎。
1864年（同治三年），崇绮以出色的考卷成绩高中头名状元，成为有史以来第一位在汉文考试中夺魁的蒙古族人，此事曾轰动朝野上下。此后崇绮授翰林院修撰，充任侍讲、河南乡试正考官等职。
1872年（同治十一年），崇绮的女儿被册封为“孝哲毅皇后”，崇绮父凭女贵，封三等承恩公，从此更加官运亨通。崇绮此人比较富于正义感，对有些官员趁灾年之机大捞赈灾银两，从中渔利的做法非常痛恨，多次上奏疏整顿吏治，予以查核法办。1881年（光绪七年）崇绮任盛京将军期间，为强固边关做出了贡献。
从1885年起，崇绮的官运更是扶摇直上，这使得崇绮对给予他这一切的慈禧太后更加感激涕零，他誓死效忠并支持慈禧太后的一切主张，就连1898年“戊戌变法”之后的“己亥建储”事件，崇绮也毫无例外地顺从和参与了，并由此成为慈禧太后的心腹信臣。
1900年（光绪二十六年），爆发了义和团的反帝爱国斗争，清廷经过讨论决定利用义和团消灭外寇。后来八国联军攻入北京城，慈禧太后携光绪帝仓皇逃往西安，而誓死效忠朝廷的崇绮则和荣禄另外组织了一支队伍南下，以混淆敌人的视线，掩护慈禧与光绪出逃。到达保定后，崇绮感怀清王朝的命运危在旦夕，而自己又无力恢复，遂自缢于莲池书院，以身殉国，谥“文节”，入祀昭忠祠。
崇绮的一生虽然表现出典型的清廷卫道士形象，但他毕竟怀有济困扶危、体恤民情之心，且以有限之力整治贪官污吏，强固边防，还是体现出了可贵的精神。